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Wikipedia se ejecuta sobre el software libre MediaWiki en un cluster (agrupación) de servidores situados en Florida y en otros lugares del mundo: 239 máquinas en Florida , 22 en Ámsterdam y 23 en las instalaciones coreanas de Yahoo![41] MediaWiki es la fase III del programa. Originalmente, Wikipedia se ejecutaba en UseModWiki, creado por Clifford Adams (fase I). Al principio era necesario usar CamelCase para los enlaces; después esto se solucionó y fue posible usar dobles corchetes. En enero de 2002, Wikipedia comenzó su funcionamiento sobre un motor wiki en PHP con base de datos MySQL. Este software, fase II, fue escrito por Magnus Manske específicamente para el proyecto Wikipedia. Más tarde se implementaron muchas mejoras y modificaciones para incrementar el rendimiento debido a la creciente demanda. Por último, el software fue reescrito por Lee Daniel Crocker. Establecida en julio de 2002, esta fase III del programa se llamó MediaWiki. Está amparada bajo la licencia GPL y es usada por todos los proyectos de Wikimedia.
En octubre de 2008, sus servidores migraron a Ubuntu.[42]
