El santuario de la Virgen del Mar fue la basílica de Santo Domingo, antigua mezquita mayor, reconvertida tras la reconquista de la ciudad por los Reyes Católicos en 1489. Dicha mezquita quedó dañada por el terremoto de 1522 y se construyó un templo nuevo desde esa fecha hasta 1568. Una nueva reconstrucción se realiza desde 1939, tras finalizar la Guerra, pues fue incendiado y destruido en 1936.
Se inicia la reconstrucción con el acto penitencial de ir retirando los escombros con espuertas, pasando por la calle General Tamayo hasta el lugar donde se depositaban. Se inician las labores el 1 de septiembre de 1939. Los fondos proceden de aportaciones particulares y de la Falange. Promueve las obras de reconstrucción y la recaudación de fondos el Padre Ramón Ballarín. Dirige las obras el arquitecto Guillermo Langle Rubio. Jesús de Perceval decora la capilla mayor y el camarín, y traza el altar, el tabernáculo, el trono de la Virgen y el púlpito; después otros altares y los retablos de las capillas. La restauración se acabó en 1975, por el arquitecto Javier Peña y Peña y el aparejador Adolfo Martínez Gázquez. Las vidrieras son obra de Luis Cañadas Fernández.
