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El trasvase está gestionado desde el Gobierno estatal, dado que es el que tiene competencia en los ríos cuya cuenca afecta a varias comunidades autonómas, a través de la comisión de explotación del trasvase Tajo-Segura dependiente del Ministerio de Medio Ambiente, que es la comisión encargada en todo momento de decidir la cantidad trasvasable y su utilización, excepto si los embalses de donde parte el agua (Entrepeñas y Buendía) a día 1 de julio poseen menos de 557 hm³, en cuyo caso la función de la comisión de explotación pasa al Consejo de Ministros que decidirá, en función de las circunstancias, aprobar o denegar trasvases. Si en los embalses de cabecera del Tajo existen 240 hm³ o menos de agua, no se puede trasvasar agua bajo ningún concepto, puesto que esta agua es únicamente para garantizar las demandas de la cuenca hidrográfica del Tajo.
En la actualidad se ha desatado la controversia entre varias autonomías españolas iniciada por el gobierno de Castilla-La Mancha sobre esta obra, el cual pide su derogación en el 2015, enfrentándose así políticamente a los gobiernos de Murcia y la Comunidad Valenciana que piden mantener el Trasvase en sus actuales condiciones, ante lo cual cuentan con el respaldo del Ministerio de Medio Ambiente del Gobierno de España.
