Después de que expiraran sus dos años de sanción, Heras tenía encima de la mesa las ofertas de equipos ciclistas modestos. Aunque se había especulado mucho con su regreso y el mismo había declarado que tenía intención de volver,[42] [43] acabó decidiendo retirarse,[44] y así lo anunció ante los medios de comunicación:
Me hacía ilusión volver, pero de ninguna manera estaba dispuesto a consentir que se aprovecharan de mi situación. He tirado la toalla, es definitivo. Imposible seguir en las condiciones que yo quiero. Me da pena, pero tal y como está el ciclismo creo que es lo mejor para mí.[45]Su retiro se debía a la ausencia de ofertas de equipos ProTour y a la falta de unión entre los ciclistas:
Sigo sin entender el código ético, sigo sin entender los motivos por los que los equipos ProTour no pueden fichar a un corredor que, como yo, ya ha cumplido su sanción, pero ante este panorama lo mejor es dejarlo. Este final es algo con lo que no contaba. Y algunos otros corredores de talla también van a tener que dejar el pelotón por falta de equipo. Está claro que el ciclismo no atraviesa la mejor situación posible: los equipos, los organizadores, la UCI?, están en guerra, no hay ninguna unión, y así es muy difícil salir de la crisis.[46]Asimismo, Heras afirmó que iba a seguir intentando probar su inocencia:
Me conformo con que se reconozca que las cosas no se hicieron bien, que hubo irregularidades en el procedimiento que pudieron alterar el resultado. Han pasado más de dos años y sigo esperando a que me manden los análisis de la prueba B. Los de la prueba A me los dieron al día siguiente, pero los de la B los he reclamado media docena de veces y todavía sigo esperando.[46]Aunque se encuentre retirado del ciclismo en su modalidad de ruta, recientemente se proclamó vencedor de una competición importante de mountain-bike, la Nissan Titan Desert,[47] y tomó parte en la Transpirenaica de Giant Tours.[48] Además, en 2009 se hizo con la Bike Blenheim Palace una curiosa carrera de bicicletas plegables disputada en Oxford en el que los participantes deben correr con chaqueta americana, camisa, corbata y pantalón corto y en la que ya fue segundo el año anterior.[49]